چگونه تشکیل نفت همیشه مورد سوال بوده است و نظریات متفاوتی در مورد در مورد آن مطرح شده است. در این بین. دو نظریه منشا معدنی و آلی مشهور می باشد. نظریه منشا معدنی در اولین قرن 20 بسیار مورد توجه قرار گرفت که دلیل آن آزمایش های انجام شده توسط برتوله و تایِید آن ها توصت مندلیف. موآسان .ساباتیه و ساندرنس بود. این آزمایش ها عبارت بودند از واکنش فلزات قلیایی و دی اکسید کربن در دمای بالا و تولید کاربیدهای فلزی و سپس واکنش این کاربید ها با آب جهت تولید استیلن و پلیمر شدن آن در حضور کاتالیست مناسب اما خیلی زود این نظریه دچار مشکل شد. اول این که دمای پوسته زمین برای انجام چنین واکنش هایی بسیار پایین است. دوم این که اصولا فلزات قلیایی مورد نظر پوسته زمین وجود ندارند . از همه مهم تر این که در نفت ترکیبات فعالی وجود دارد که در غیر منبع آلی هیچ منشاء دیگری نمی تواند داشته باشد از طرفی دیگر همیشه در حین استخراج نفت. بقای جانوران همراه با نفت از چاه خارج می شوند. براساس این نظریه خیلی سریع کنار گذاشته شد و نظریه منشاء آلی برای نفت کاملا پذیرفته شد این نظریه باید به پرسش های مختلفی پاسخ می داد. از جمله این که مواد آلی اولیه از کجا آمده اند . چگونه در بین لایه های رسوبی حفظ شده ودر طی چه زمانی به نفت تبدیل شده اند در ادامه این بحث به این سوالات پرداخته میشود

مواد آلی اولیه و از جانوران دریایی از جمله پلانگتون ها که تا عمق 100 متری که نور خورشید در آب نفوذ می کند حضور

داشته اند سرچشمه می گیرد در واقع لایه های رسوبی و تغییرات شرایط اقلیم باعث محبوس شدن این  موجودات در بستر زمین شده است . علاوه بر این آب های رودخانه ها نیز هوای مواد هیومیک(Humuque) بوده که ساختار هیدروکربنی دارد بازمانده مواده پلانگتونی که از تجمع باکتری های هوازی در حین سقوط به کف اقیانوس عبور کرده و به بستر اقیانوس رسید و توسط ذرات رسوبی مانند شن و ماسه و رس و آهک از حمله باکتری های هوازی در امان ماننده اند توسط باکتری های بی هوازی اکسیژن زدایی شده و به هیدروکربن تبدیل شده اند. ماده ها هیدرو کربنی اولیه تشکیل شده بسیار غلیظ بوده وkerogen نامیده می شود. این مجموعه تغییر و تحولات Diagnesis نامیده شده و از اعماق 1 متری زمین تا 10000متری زمین طی 5 تا 10 هزار سال تحت دما و فشار مناسب انجام شده است